开山祖师宽大讳佛慈老和尚
佛慈老和尚,俗姓陈，名普及，原籍中国庵埠马岭，幼习儒家，性喜道学。年十二，茹素寻师学道，依虚云老和尚座下出家。
于1936年定居新加坡后港石邻路，创立菩提佛院。
1962年，老和尚收了两位出家弟子（宏愿法师和宏华法师）为菩提佛院的接班人。
1963年农历七月二十八日，预知时至，无疾而终，安祥圆寂，世寿七十九岁。
第二任住持宏愿讳灵信老和尚
灵信老和尚,俗姓刘，名木森，原籍香港。于1962年依佛慈老和尚座下出家。
1968年，因政府市区发展计划，座落在后港石邻路的菩提佛院，也就搬迁到现在的地址，继续弘法。
1977年，建设完成。老和尚于1982年农历五月二十三日圆寂，世寿六十五岁。
第三任住持惟一讳知觉和尚尼
知觉和尚尼，俗姓陈，名秀杏，追随佛慈老和尚开山。1966年依宏愿法师和宏华法师披剃出家，前往香港宝莲寺受具足戒。
1989年，和尚尼带领僧众及弟子们弘扬佛法及社会公益事业，开始积极地展开。1994年要求个人持戒自重，提倡每日过堂用斋，半月诵羯磨，并礼聘法师为住众授课，以使住众增进德业。
于2008年农历十二月廿五日，预知时至，安详圆寂，世寿八十岁。
现任住持传根号见悟和尚尼
见悟和尚尼，俗姓李，名锦萍，1980年依惟一尼和尚披剃，1985年台湾妙通寺受具足戒，1989年毕业於台湾圆光佛学院，2010年毕业於南京中医药大学医科博士学位，并陞座为本院住持。
法师肃内：培育僧才，树立芳规，建立六和僧团；化外：倡导正信，举办佛教活动—遍及文化，教育与慈善。目前担任菩提施诊所医师及菩提托儿所董事。