本院开山师祖佛慈老和尚于1936年来自中国，依虚云老和尚座下剃度出家，在后港石邻路创建“菩提佛院”开始弘法。至1963年，功德圆满，安祥圆寂。由弟子宏愿法师接任住持，宏华法师与惟一法师则共同佐理院务。时因政府征地而另觅榜鵝区现址，筹建新院。期间宏华法师于1970 年圆寂。新院在1972年开始兴建至1977年各殿堂次第落成，宏愿法师也于1981年圆寂。惟一法师继任住持，联同宏英法师继续发展院务，信众日增。1989年第四代出家弟子参学归国，积极投入常住弘法及公益事务，并定期举办八关斋戒、佛学班、与儿童补习班等活动。
亦于1992年在芽笼东创办“菩提托儿所”。 2000年，传根法师深觉“佛子不学经论无以言， 不学戒律无以立。”之说，首倡新加坡尼众道场结夏安居，并依止台湾南普陀道海律师。2006年榜鹅新区开发，活动人数激增，场地顿见不敷应用，遂决定将两层的藏经楼改建为四层的综合教学大楼。佛陀舍利和法宝则安放在顶楼佛塔。2008年，惟一法师见大愿已成，放下万缘，安然圆寂。传根法师被推举为第四任住持，承先启后，积极弘扬佛法，普渡众生。